הרפואה המשלימה מורכבת ממספר רב מאוד של שיטות, ההומאופתיה הקלאסית היא אחת מהן ולא השם הכולל לכולן. הרבה פעמים מבלבלים את ההומאופתיה עם שיטות טיפול אחרות כגון: נטורופטיה, דיקור, טיפול באמצעות צמחי מרפא, טיפול בפרחי באך, הילינג, טבעונות וכדומה.

הומאופתיה קלאסית
מציגה שיטת רפואה שמקורה בגרמניה, מבוססת על משנתו של ד”ר סמואל האנמן ומתנהלת לפי מספר חוקים ועקרונות בסיסיים(ראה ” מהי ההומאופתיה“). כל שיטה שאינה תואמת חוקים ועקרונות אלו אינה הומאופתיה קלאסית.
כשיטת רפואה הוליסטית, מתייחסת ההומאופתיה אל האדם כמכלול שלם אשר מורכב מגוף ונפש הקשורים זה בזה באופן רציף.
בבסיס ההבנה ההומאופתית את המושגים של בריאות וחולי, מתייחסת הראייה ההומאופתית אל הסמפטומים החיצוניים מהם סובל האדם כביטוי חיצוני של מצוקה אשר מקורה פנימי,ולא כמוקד הבעיה עצמה, ולכן מטרת הטיפול היא לא העלמת סמפטומים חיצוניים אלא מציאת מקור המחלה העמוק ביותר והכוונת האדם ליכולתו הטבעית לרפא את עצמו. כאשר מצב זה קורה חלה הבראה, ה”קלקול” הפנימי מתוקן וכתוצאה מכך נעלמים גם הסמפטומים החיצוניים אשר הצביעו על קלקול זה. האדם חוזר לאיזון ולהרמוניה פנימית. כאשר מטרה זו הושגה הטיפול יעיל לאורך זמן רב. הטיפול הוא בעזרת הכנה הומאופתית(השם הנבחר לתכשיר הומאופתי) אחת המותאמת ספציפית לאדם לפי מכלול חייו בזמן נתון. ההכנות עשויות מחומרים שונים מעולם הטבע כגון צמחים ומינרלים, ההכנות מדוללות ומנוערות לפי חישובים מדויקים וניתנות למטופל בצורת טיפות או גלובולים(כדורים לבנים קטנים). ישנן קרוב ל-3000 הכנות הומאופתיות שונות ומגוון רחב מאוד של מינונים לכל הכנה. האיבחון נעשה באמצעות שיחה מעמיקה ואינו כולל מגע או בדיקות פולשניות.

רפואה קונוונציונאלית
מציגה נקודת מוצא שונה מזו לחלוטין ורואה לעיתים קרובות את הסמפטומים החיצוניים כמוקד הבעיה עצמו. שכזה, מטרת הטיפול היא לסלק את הסמפטומים החיצוניים. לכול סמפטום תרופה אחרת המסלקת אותו. האדם תלוי בתרופה על מנת לא לחוש את הסימפטום.
ההסתכלות אינה אינדבדואלית ואינה הוליסטית.

הומאופתיה לא קלאסית
מציגה מספר שיטות המשתמשות בשם הומאופתיה על סמך השימוש בהכנות ההומאופתיות אך לא לפי החוקים וההבנות ההומאופתיות הקלאסיות. בין שיטות אלו נמצא את ההומאופתיה המודרנית המציגה לעיתים הומאופתיה על בסיס סימפטומטי, לקיחת המקרה עלולה להתייחס יותר לסמפטומים החיצוניים מאשר לבעיה הפנימית. מבחינת מחשבה דומה שיטה זו יותר לרפואה הקונבנציונאלית מכיוון שלכול סימפטום ניתנת הכנה הומאופתית בנפרד, אחת לכאב בטן, אחרת לכאב ראש וכדומה. שיטה נוספת היא הקומפלקס ההומאופתי המכיל מספר הכנות אשר אוחדו ביחד למטרה ייעודית וניתן לרכוש אותן בבית המרקחת ללא ידע קודם. בשיטה זו יש התעלמות מוחלטת מהחוקים וההבנות ההומאופתיות הקלאסיות.

פרחי באך
מציגה שיטת טיפול אשר פותחה על ידי ד”ר אדוארד באך שהיה רופא והומאופת ופיתח טיפול שונה המתבסס על התאמת תמציות אנרגטיות, מדוללות ומנוערות. ישנן 38 תמציות והאינדיקציות להתאמתן למטופל הן נפשיות בלבד.

נטורופתיה
מציגה דרך ריפוי טבעית המאבחנת בעיקר על ידי תשאול. צורת הטיפול היא דרך תזונה, צמחי מרפא ותוספי מזון. לעיתים הנטורופת כולל בטיפול שיטות נוספות כגון רפלקסולוגיה, אירידיולוגיה, טכניקות הרפיה ועוד.

רפואה סינית
מציגה רפואה עתיקה בת 5000 שנה שמקורה בסין. האיבחון נעשה בעיקר על ידי תשאול, מדידת דפקים והתבוננות בלשון. צורת הטיפול היא בדיקור, שימוש בצמחי מרפא ותזונה.